目前，人文学院下设中文系、历史系、哲学系、汉语国际教育中心、艺术教育中心，国家大学生文化素质教育基地、国家语言文字推广基地和中华诗词学会上海交通大学大学生诗词教育与研究基地挂靠人文学院。全国计量文化和科普资源创新基地、世界反法西斯战争研究中心、中华创世神话研究基地、国家形象与城市文化创新战略研究基地作为省部级学术平台，人文艺术研究院、战争审判与世界和平研究院、神话学和民间文学研究院、欧洲文化高等研究院和东京审判研究中心等作为校级学术平台，挂靠人文学院管理。人文学院学科建设涉及文、史、哲、艺4个门类，涵盖中国语言文学、中国历史、哲学、艺术学4个一级学科。

人文学院下设2个本科专业：汉语言文学（中外文化交流、创意写作、科技人文）、汉语言（面向留学生）；5个本科辅修专业：汉语言文学、历史学、哲学、音乐学、绘画；3个一级学科硕士点：中国语言文学、中国史、哲学；1 个英文硕士项目：现代中国与区域国别研究（Modern Chinese and Area Studies）；1个专业学位硕士点：国际中文教育；3个一级学科博士点：中国语言文学、中国史、科学技术史；1个博士后流动站：中国语言文学。