2014《海上往来人：明清时期的海洋渔业开发》，《中国社会科学报》10月15日A05版。

2012《被遗忘的海疆：中国海洋环境史研究》，《中国社会科学报》12月5日/388期A-05。

2012《1582年的风暴潮与江南历史》，《历史学家茶座》第25辑，页140-147。

2011《从计量看中国环境史研究手段》，《中国社会科学报》3月24日/13版。

2010《明清时期两次火山大爆发与中国的气候突变——以海洋生物为视角》，《历史学家茶座》1辑，页79-84。

2009《历史上黄渤海真鲷资源数量的变动及原因》，《天地人》8号，页10。

2008《湮没在史书中的小青岛》，《半岛都市报》，2008-7-16。

2007《沙子口数百年变迁史》，《半岛都市报》，2007-12-8。

2006《同治元年太平天国战区的霍乱大流行》，《历史学家茶座》1辑，页51-55。

2003《东西方对于鼠疫的应对》，《社会科学报》，2003-5-8。

2011《海有丰歉：黄渤海的鱼类与环境变迁（1368~1958）》，上海交通大学出版社，416页。

2009《文化元素·国家·地方——以青岛文化为例》，吉林大学出版社，390页。（论文集，与孟华共同主编）

2006《鼠疫：战争与和平——中国的环境与社会变迁（1230~1960年）》，山东画报出版社，466页。（与曹树基合著，第二著者)

2018《清代民国时期苏州城市的公共卫生——以环境卫生和防疫为中心》，《苏州大学学报》5期，页171-180。

2017《疾病生态史视角下的徽州历史新探——以渔梁坝与歙县血吸虫病为例》（顾维方、李玉尚），《苏州大学学报》6期，页178-186。

2017《太平天国战争后浙江省开化县的血吸虫病与移民》（顾维方、李玉尚），《中国历史地理论丛》3期，页102-114。

2016《清代以来的海岛饥荒与社会生态——以福建省平潭县为例》（李玉尚、黄春岑），《科学与管理》5期，页15-24。

2016《明清以来中国沿海大黄鱼资源的分布、开发与变迁》，《生态史研究》第一辑，商印印书馆，页100-123。

2015《从人工饵料到天然食料：16世纪之后中国绍兴的河道养鱼》(李玉尚、顾维方)，《中国农史》2期，页14-23。

2015《陕甘回民战争和捻军起义中的传染病类型考辨》，《昆明学院学报》2期，页21-30。

2015《手术与药物：清代后期云南鼠疫流行中的治疗》，《思想战线》2期，页97-104。

2014《气候变化与清代以来云南的鼠疫流行》(李玉尚、刘琼)，《白沙历史地理学报》15期，页1-20。

2014《河流淤废与宋以降松江鲈之变迁》，《科学与管理》6期，页35-43。

2013《清代以来墨鱼资源的开发与运销》(李玉尚、胡晴)，《思想战线》4期，页136-142。

2013《乾嘉以来小黄鱼渔业的开发与市场体系》，《中国农史》5期，页59-69。

2013《番薯、玉米与清初以来四川的钩虫病》(李玉尚、杨雨茜)，《科学与管理》6期，页1-23。

2013《明初以降太湖北部和東部的血吸蟲病》，台湾《中医药杂志》，特刊，129-157。

2012“Mt. Tambora,Climatic Changes, and China’sDecline in the Nineteenth Century”(Shuji Cao, Yushang Li, & Bin Yang), Journalof World History(Vol.23, No.3),pp.587-607.

2012《600年来中国带鱼种群历史专题导言》，《科学与管理》1期，页21-22。

2012《明清以来黄渤海带鱼渔获量变化及其原因》，《科学与管理》1期，页23-32。

2012《都天与木莲：清代云南鼠疫流行与社会秩序重建》（李玉尚、顾维方），《社会科学研究》1期，页144-150。

2011《三江闸与1537年以来萧绍平原的姜片虫病》，《中国农史》4期，页93-106。

2011《感潮区变化与青浦沿湖地区的血吸虫病——以任屯为中心》，《南开学报》（社科版）5期，页40-50。

2011《＜农政全书＞所反映的1600年前后气候突变》（车群、李玉尚），《中国农史》1期，页120-127。

2011《民国时期奉天地区度量衡考》（王涛、李玉尚），《上海交通大学学报》（社科版）3期，页56-63。

2010“TheElimination of Schistosomiasis in Jiaxing and Haining Counties, Public Healthas Polical Movement”, Angela KC Leung and Charlotte Furth eds., Health andHygience in Moedern Chinese East Asia, Duke University Press, pp.209-227.

2010《清末以来江南城市的生活用水与霍乱》，《社会科学》1期，页150-160。

2010《1600年之后黄海鲱的旺发及其生态影响》，《中国农史》3期，页10-21。

2010《海湾环境变迁与黄海鲱中心产卵场内部的变动》，《鲁东大学学报》(社科版)5期，页85-88。

2010《清代以来黄渤海真鲷资源的分布、开发与变迁》（李玉尚、车群、陈亮），《中国历史地理论丛》3期，页125-137。

2010《目察证经：郝懿行的释鱼》，孙立新等编《海洋历史地理论》，山东教育出版社，页183-191。

2009《霍乱与商业社会中的人口死亡——以1919年的黄县为例》（李玉尚、韩志浩），《中国历史地理论丛》4期，页135-145。

2009《明初以降江南农业结构转变与疾病变迁——以钩虫病为中心》，刘翠溶主编《自然与人为互动：环境史研究的视角》，台北联经出版公司，页473-522。

2009《明代黄渤海和朝鲜东部沿海鲱鱼资源数量的变动及原因》（李玉尚、陈亮），《中国农史》2期，页9-22。

2009《黄海鲱的丰歉与1816年之后的气候突变--兼论印尼坦博拉火山爆发的影响》，《学术界》5期，页42-55。

2009《从青岛河解读青岛早期历史》，孟华、李玉尚主编《文化元素·国家·地方——以青岛文化为例》，吉林大学出版社，页57-81。

2009《胶东渔村的民间信仰变迁：以即墨周戈庄为例》，孟华、李玉尚主编《文化元素·国家·地方——以青岛文化为例》，吉林大学出版社，页301-318。

2009《即墨老酒北宗考》（朱光涌、李玉尚），孟华、李玉尚主编《文化元素·国家·地方——以青岛文化为例》，吉林大学出版社，页191-205。

2009《云南纳西族民歌中的地理观念——以鱼水相会为中心》（李玉尚、单丽），孟华主编《三重证据法：语言·文字·图像》，吉林大学出版社，页77-112。

2008《明清以来苏松太地区耕牛的时空分布》，《中国农史》4期，页3-10。

2008《明清以来嘉湖地区耕牛的变化》（李玉尚、赵玮），《社会科学研究》4期，页157-161。

2008《崂山沙子口海庙与天后宫的变迁》，《民俗研究》2期，页120-137。

2008《政治和自然因素对胶东城市地位的影响》（单丽、李玉尚），《鲁东大学学报》3期，页23-26。

2008《胶东丁字湾复原及应用研究》（李玉尚、王金文等），《中国文化产业》第一辑，中国海洋大学出版社，页143-151。

2007《青岛小港渔人码头休闲文化区的历史复原与开发——与台湾淡水的比较》，亢清泉主编《青岛文化建设研究——青岛市文化建设研究文集》，文化艺术出版社，页295-306。

2007《清代中后期江南的传染病》，王利华主编《中国历史上的环境与社会》，北京三联书店，页343-392。

2007《上海城区霍乱病史研究——以“地方病”和“外来病”的认识为中心》，曹树基主编《田祖有神——明清以来的自然灾害及其社会应对机制》，上海交通大学出版社，页361-392。

2007《清代黄渤海鲱鱼资源数量的变动——兼论气候变迁与海洋渔业的关系》（李玉尚、陈亮），《中国农史》1期，页24-32。

2005《地理环境与近代江南地区的传染病》，《社会科学研究》6期，页133-141。

2004《传染病对太平天国战局的影响》，《中央研究院近代史研究所集刊》总45期，页1-45。

2003《和平时期的鼠疫流行与人口死亡——以近代广东、福建为例》，《史学月刊》9期，页82-94。

2003《清代云南昆明的鼠疫流行》（李玉尚、曹树基），《中华医史杂志》1期，页67-71。

2002《近代民众对鼠疫的观察与命名》，《中华医史杂志》3期，页173-178。

2002《近代中国社会对鼠疫的应对机制——以云南、广东和福建为例》，《历史研究》1期，页114-127。

2002《民国时期西北地区人口的疾病与死亡——以新疆、甘肃和陕西为例》，《中国人口科学》1期，页34-42。

2001《咸同年间的鼠疫流行与云南人口的死亡》（李玉尚、曹树基），《清史研究》2期，页19-32。

2001《鼠疫流行对近代中国社会的影响》（曹树基、李玉尚），载复旦大学历史地理研究中心主编《自然灾害与中国社会历史结构》，复旦大学出版社，页133-167。

2001《18-19世纪的鼠疫流行与云南社会的变迁》（李玉尚、曹树基），复旦大学历史地理研究中心主编《自然灾害与中国社会历史结构》，复旦大学出版社，页168-209。

2001《霍乱在中国的流行（1817-1821）》，《历史地理》第十七辑，上海人民出版社，页316-336。

2000《太平天国战争对浙江人口的影响》（曹树基、李玉尚），《复旦学报》5期，页33-44。

1.  论文《传染病对太平天国战局的影响》获2006年山东省教育厅优秀成果奖(论文三等)；

2.  博士论文《环境与人：江南传染病史研究（1820-1953）》入选2006年度全国优秀博士学位论文；

3.  入选2008年度教育部新世纪优秀人才计划；

4.《鼠疫：战争与和平——中国的环境与社会变迁（1230~1960年）》(合著，第二著者)获2008年上海市哲社优秀成果奖(著作二等)；

5. 论文“Mt. Tambora,Climatic Changes, and China’s Decline in the Nineteenth Century”(合著，第二著者)获2014年上海市哲社优秀成果奖(论文二等)。

6. 东方青年学社2015年度“上海年度社科新人”。

研究项目：主持国家自然科学基金项目、国家社会科学基金项目、国家社会科学基金重大项目子项目、教育部人文社科基金项目、教育部优博专项等项目多项。