《明代文官铨选制度研究》，北京大学出版社，2005

《通识中国历史变迁》，香港中华书局，2009

《存傅诗话》（第一作者），香港中华书局，2013

《明季东阳民变考论》，《明清论丛》第1辑，紫禁城出版社，1999
《叶子奇及其〈草木子〉》，《北大史学》第7辑，北京大学出版社，2000
《明末勇卫营》，《明史研究》第7辑，黄山书社，2001
《承袭背后的割断——从“掣签法”看明、清制度的嬗变》，《中国学术》2002年第2辑（总第十辑）
《被扭曲与被辱没的历史——试论“明史观”的形成与嬗变》，《明清论丛》第6辑，紫禁城出版社，2005
《历史的错觉、假说与真相——从清初激进思想看明、清易代》，《中国学术》2004年第4辑（总第二十四辑，实出版于2007年）
《明代文选与社会变迁》，《清华大学学报（哲社版）》，2007年第4期
《戴震灵异观发微》，《清史论丛》2009年号，中国广播电视出版社
  《钱谦益与“茶陵诗派”的构建》（第一作者），《东吴历史学报》第21期，台湾东吴大学，2009
  《〈万历野获编〉校证举例》，《明清论丛》第9辑，紫禁城出版社，2009
  《吴晗的朱元璋像》，香港中华书局再版吴晗《朱元璋传》导读，2010
  《鬼证：清人丧祭观的另类演绎》，《学术界》，2011年第12期，学术界杂志社
  《所见、所闻、所传闻：〈阅微草堂笔记〉的采信分析》，《清史论丛》2012年号，中国广播电视出版社
   《朱东润梅诗评论指瑕》，《学术月刊》，2013年第2期
  《“旧社会”与“新史学”：试析黄仁宇的“大历史”之路》，《开放时代》，2013年第2期
      《〈明伦大典〉刊布考》，《明代制度研究》论文集，浙江大学出版社，2014
   《从“以多为贵”到“以少为贵”：品秩数列反转探微》（第二作者），《经学文献研究集刊》第12辑，上海书店出版社，2014
  《〈庄子·徐无鬼〉“践—知”论索解》，《经学文献研究集刊》第14辑，上海书店出版社，2015
   《“绝迹易，无行地难”：〈庄子·逍遥游〉绎论》，《中国哲学史》，2016年第1期
《“故国河山，同此破碎”：论抗战时期吕思勉、钱穆、范文澜的通史撰述》，李猛主编《思想与社会》第9辑《奥古斯丁的新世界》，上海三联书店，2016

编著：

《石仓契约（第一辑）》（第二编著人），共8册，浙江大学出版社，2011

《石仓契约（第二辑）》（第二编著人），共8册，浙江大学出版社，2012

《石仓契约（第三辑）》（第二编著人），共8册，浙江大学出版社，2014

 

翻译：

《一部中文歌剧的诞生——高行健的〈八月雪〉》，香港《明报月刊》第38卷第6期，2003